В соответствии с Решением Совета глав государств СНГ о совершенствовании и реформировании структуры органов Содружества Независимых Государств от 2 апреля 1999 года Исполнительный Секретариат СНГ, аппарат Межгосударственного экономического Комитета Экономического союза, а также рабочие аппараты межгосударственных и межправительственных отраслевых органов были реорганизованы в единый постоянно действующий исполнительный, административный и координирующий орган — Исполнительный комитет Содружества Независимых Государств.

Все 20 лет работы в этом формате Исполнительный комитет СНГ успешно и продуктивно выполняет свою главную функцию — обеспечение организации работы Совета глав государств, Совета глав правительств, Совета министров иностранных дел, Экономического совета и других органов Содружества.

Помимо этого, в число основных направлений деятельности Исполнительного комитета СНГ, закрепленных в соответствующем Положении, входят сближение законодательства и совершенствование правовой базы сотрудничества и интеграции государств — участников Содружества. В этой связи неудивительно то тесное взаимодействие, в котором постоянно находятся Исполнительный комитет СНГ и Межпарламентская Ассамблея СНГ. Структуры на регулярной основе организуют совместные мероприятия, обеспечивают друг другу документационную поддержку и осуществляют активный информационный обмен, способствуя тем самым укреплению стабильности и безопасности в государствах Содружества.